| 獲獎年度 | 獲獎教師 | 獎項 |
| 2000 | 李國誥 | 國科會傑出獎 |
| 2001 | 陳建初 | 教育部學術獎 |
| 2001 | 張清風 | 國科會第二次特約研究獎 |
| 2004 | 張清風 | 教育部學術獎 |
| 2004 | 張清風 | 國科會傑出特約研究員 |
| 2006 | 張清風 | 教育部第10屆國家講座 |
| 2006 | 周信佑 | 校級教學優良教師 |
| 2006 | 陳鴻鳴 | 優良導師 |
| 2007 | 繆 峽 | 全程英語教學績優教師 |
| 2007 | 冉繁華 | 優良導師 |
| 2008 | 劉秉忠 | 優良導師 |
| 2008 | 冉繁華 | 教學優良教師 |
| 2008 | 繆 峽 | 全程英語教學績優教師 |
| 2009 | 冉繁華 | 獲研究中心建教合作積優獎 |
| 2010 | 冉繁華 | 獲99年度行政院農委會「優秀農業人員獎」 |
| 2012 | 冉繁華 | 101年度農業科學技術研究發展成果管理及運用獎助-傑出技術移轉菁英獎(石斑魚多價位不活化疫苗開發) |
| 2013 | 張清風 | 與法國國家科學研究中心(CNRS)生物個體及生態系統Sylvie DUFOUR處長組成之研究團隊獲獎 |
| 2013 | 周信佑 | 研發技術「水產用多重相乳化包埋口服製劑製作方法」榮獲「2013 年台北國際發明暨技術交易展」競賽區金牌獎 |
| 2013 | 呂明偉 | 獲2013 年跨部會農業生技豐年慶暨「農業生技產業化成功模式論壇」大會頒發「登豐獎」 |
| 2013 | 黃之暘 | 校級教學優良教師 |
| 2014 | 呂明偉 | 2014教育部生技產業創新創業人才培育計畫農業生技組佳作 |
| 2014 | 龔紘毅 | 103年農委會智財權保護運用獎勵 |
| 2014 | 龔紘毅 | 2014台北國際發明暨技術交易展發明競賽鉑金獎 |
| 2017 | 呂明偉 | 「台北國際發明暨技術交易展」發明競賽「製備魚類核醣核酸試劑之方法」,金牌獎Gold Medal Award, 2017 |
| 2018 | 張清風 | 法國教育榮譽勳位(Ordre des Palmes Academiques) |
| 2018 | 冉繁華 | 行政院農業委員會農委會107年第一屆產銷履歷卓越貢獻獎 |
| 2019 | 周信佑 | 2019未來科技展-學術創業先鋒獎 |
| 2020 | 吳貫忠 | 吳貫忠109年度吳大猷先生紀念獎 |
| 2020 | 龔紘毅 | 科技部-產學鏈結合作獎 |
| 2020 | 徐德華 | 十大傑出青年-農漁環保類 |
| 2020 | 呂明偉 | 「以Lipoplex口服傳遞平台開發高價值之優質水產種苗」榮獲2020年科技部-法人鏈結產學合作績優案源獎第二名 |
| 2020 | 張清風 | 第二屆「海洋教育推手獎(個人獎項)」 |