養殖生態系統管理及工程，水族生理、生化、分子生物、生殖內分泌、遺傳育種及抗病基因，營養與飼料，水族病理、微生物，水生植物學及水產養殖經濟及管理等方向；且與業界保持良好互動，實際地將研究成果應用於產業界，協助解決業者所面臨及遭受的問題，包括養殖現場魚病之診斷、飼料配方之改良、水質環境監控與檢測、養殖生物品系之鑑定、養殖生物品種之改良、循環水系統之研發與改良、養殖技術之研發；並配合國家農業發展需要及加入WTO後農業結構之改變，積極整合強化現有農業教學系統，以滿足農業人才需求；設立之『水產品產銷履歷驗證暨檢驗中心』也將持續積極配合政府政策，推動養殖水產品上市前衛生品質之監視檢驗與輔導措施並協助進行水產品產銷履歷驗證工作，以提昇國內水產品衛生安全。 另藉由未來招收友邦水產養殖人士碩士專班（九十二學年度由本學系與國合會合辦）開設水產相關外文課程，除提昇本系研究生們的外文能力及國際觀外，並助於我國外交之推展及本校之國際參與。